הכנסייה בירושלים, כפי שמוזכר בספר דרשות עתיק שנכתב בשפה הגרוזינית (במאה ה 8-7), חגגה חג ב 28 לאוגוסט: "בעיר עין כרם, בכנסייה בה זכרה של אלישבע הצדיקה מכובד". לפי המסורת (שאושרה במאה ה 9) מקום זה היה עד להולדתו של יוחנן המטביל הקדוש. כנסייה נבנתה לזכר האירוע אשר סופר בבשורה על פי לוקס. "ביתו של זכריה ממוקם למרגלות הגבעה ממערב לירושלים. אל ביתו של זכריה באה הבתולה הקדושה כדי לברך את אלישבע… באותו בית, יוחנן, המבשר אודות ישוע המשיח, נולד. כעת ישנה כנסייה שנבנתה במקום זה. בפנים, משמאל למזבח המרכזי, אפשר לראות מערה קטנה היכן שיוחנן המבשר נולד" (דניאל, ראש מנזר מרוסיה, ראשית המאה ה 12). כיום, הכנסייה המקורית עדיין יכולה להראות, מכיוון שהיא אף פעם לא נהרסה לגמרי. במקום, היא שמשה כאורווה במשך ארבע מאות שנים עד למאה ה 17, כאשר אז נעשו הפרנציסקאנים בעלי המקום.
עד כה נעשו חפירות מחוץ לכנסייה (סילבסטר סאלר הפרנציסקאני, 1941-1942). העובדות מראות שהאזור אוכלס ביהודים במאה הראשונה (מקווה) ומאוחר יותר על ידי פאגאנים (מכבשים ופסל של אפרודיטה). במשך התקופה הביזנטית (החל מהמאה ה 5-4) השתמשו בשטח כבית קברות נוצרי מסביב למקומות קבורה מכובדים של שני אלמונים קדושים שמתו על קידוש השם, ושהוזכרו בהקדשה בפסיפס אשר התגלה ב 1885. לפני מקומות קבורה אילו נמצאו שרידי קפלה עם רצפת פסיפס, וכן נמצאה קפלה אחרת סמוך לצד הדרומי. כל אחד מהאלמנטים הללו, למרות שאינם קשורים ישירות ליוחנן המטביל הקדוש, הם עדים למסורת ארוכה של הערצתו באזור זה של יהודה
