Os Frades franciscanos da Custódia receberam a missão de custodiar os Lugares Santos do cristianismo na Terra Santa, por mandato papal com a bula Gratias agimus de Clemente VI.

Também o Papa Francisco renovou, recentemente, o encargo com uma carta inviada por ocasião dos 800 anos de presença franciscana na Terra Santa, no dia 17 de outubro de 2017: Unindo-me aos meus veneráveis Predecessores, a partir de Clemente VI, que com a bula Gratias agimus vos confiou a custódia dos Lugares Santos, desejo renovar-vos tal mandato, encorajando-vos de ser testemunhas alegres do Ressuscitado na Terra Santa.