"(כשעזבנו את ציפורי) הגענו לכאנה לאחר כשלושה מילין, אל המקום בו נכח האדון בחתונה; ישבנו על אותו מושב; ולמרות שאיני ראוי, כתבתי שם את שמותיהם של הורי… היו לי שני כדים. מילאתי אחד מהם עם יין, סחבתי אותו על כתפי והגשתי אותו במזבח. רחצנו את עצמנו באדיקות באותו מעיין (שבו מילאו את הכד עבור האדון). לאחר זאת הלכנו אל העיר נצרת." העדות של הצליין האנונימי מפיאצ’נזה (שנת 570) היא המלאה ביותר בפרטים מכול אילו שסיפרו לנו על המקום הנוצרי הקדוש הקרוב לציפורי ולנצרת, ושמנציח את זכר הנס הראשון שחולל ישוע. בתקופות שונות, מסורות מקומיות שונות מיקמו את האירוע הזה מהבשורה באתרים שונים. החל מהמאה ה 17 והילך, כפר כאנה הינו האתר אשר בו ביקרו רוב העולים לרגל. נהגו להוביל אותם אל חדר תת קרקעי בתוך בניין עם עמודים אשר נחשב לכנסייה הראשונה שנבנתה בימיו של הקיסר קונסטנטינוס ואימו הלנה.
הפרנציסקאנים, אשר ברשותם כבר היה שטח קטן בכאנה במשך שלוש מאות השנים האחרונות, הצליחו לקנות את האתר בחזרה רק ב 1879, וזאת הודות למאמציו הבלתי נלאים של האב אג’ידיו גייסלר, שכיהן כרועה קהילת נצרת. כאשר נבנתה הכנסייה החדשה אשר נחנכה ב 1881 ולאחר הורחבה ב 1897-1905, התגלו שרידי בניין יהודי מהתקופה הרומית-ביזנטית (המאות ה 4-3). עמודי הבניין וכותרות העמודים שנתגלו שימשו לבניית החזית. חשוב לציין במיוחד שנמצאה כתובת בארמית כ 90 סנטימטרים מתחת לאריחי ריצפת הכנסייה: "ברוך יהיה זכרו של יוסף בן תלחום בן בוטח ובניו, אשר יצרו את התמונה הזו (פסיפס). יבורכו הם." החפירות הארכיאולוגיות שנערכו ב 1969 על ידי האב סטניסלאו לופרדא בחצר הצפונית של הכנסייה ובחדרים הגובלים עימה, הובילו לגילויים של חצר פנימית, פסיפסים נוספים, ומבני אבן עתיקים המשתרעים מעבר לשטח שבבעלות הפרנציסקאנים, ואשר היו חלק ממתחם בית כנסת. ב 1885 נבנתה קפלה כ 100 מטרים מהכנסייה, כדי לתת כבוד לנתנאל הקדוש, אחד משניים-עשר השליחים, אשר היה בן כפר כאנה. לאחרונה, בזמן עבודות שיקום, נערכו חפירות ארכיאולוגיות אשר הגיעו למסקנה שהכתובית בארמית הייתה במרפסת בית הכנסת. המרפסת הייתה למעשה כניסת אכסדרה ובמרכזה היה מקווה מים.