כאשר מדברים על המנזר של סאן סלבטורה שבירושלים משמע שמדברים אודות המכלול של כל הקוסטודיה של ארץ הקודש, ממש כאיל הוא הלב שממנו כל הפעילות מתחילה. המנזר ממוקדם ברובע הנוצרי של העיר העתיקה של ירושלים, בסמוך לשער החדש, כשלמנזר היסטוריה ומזכורות של מאות שנים של נוכחות פרנציסקאנית בארץ הקודש.
כאשר האחים הפרנציסקאנים סולקו מהמנזר שבהר ציון, היכן שהם גרו החל משנת 1333, בשנת 1551, הם מיקמו את המטה שלהם בסאן סלבטורה. המנזר נרכש על ידי הקוסטודיה בשנת 1559, כשהמנזר הנה קטן בהרבה ביחס להיום, וכלל רק כנסייה קטנה, שהיתה בשימוש בלעדי של הקהילה הגאורגית שאליו היתה שייכת. בשנת 1560 האחים הראשונים עברו לסאן סלבטורה והחל מאז, עם הסכמתו של הסולטאן, הם שיפצו, שינו והרחיבו את המנזר.
בשנת 1561, האפיפיור פיוס ה-6 העניק לכנסייה הקטנה של סאן סלבטורה את אותה הזכות של כתב המחילה שהוענק למי שהגיע לחדר הסעודה האחרונה, המקום שאבד בשנת 1551. הכנסייה במנזר החדש של הפרנציסקאנים היתה עם קומה מוגבהת, ממש כמו בחדר הסעודה האחרונה, והיה ידוע כ"החדר במעלה המדרגות". אותה כנסייה הפכה לקהילה הקתות הראשונה בירושלים ומקור התייחסות מרכזי עבור הנוצרים הלטיניים.
החל משנת 1723 ואילך, המנזר החל להתפתח: המתחם הסגור [קלויסטר, בלעז] נבנה ב-1756, השני ב-1870 והשלישי והסמינר בשנת 1880. היה זה בשנת 1741 שבה כנסיית סאן סלבטורה הוכרה כמרכז הקוסטודיה של ארץ הקודש עם קיומו של מסמך רשמי מאת האפיפיאור בנדיקט ה-14, וכמקום המגורים של הקוסטוד של ארץ הקודש שעדיין שומר גם כיום על התואר של "האח הממונה האחראי על הר ציון".
המנזר של סאן סלבטורה היה עיר קטנה, שבו היו אלמנטים אחרים, כשכל אחד מהם יכול היה לזכות בפרק בפני עצמו: בית המרקחת העתיק של סאן סלבטורה,הספרייה הכללית של ארץ הקודש ולאחר מכן המו"ל של הדפוס הפרנציסקאני.
ידוע כבר החל משנת 1353, כי בית המרקחת היה כבר מזמן מקום התייחסות יחידי לטיפול בחולים בירושלים. המשחות הידועות ביותר עם תכונות מועילות ומרובות כללו את "צמחי המרפא של ירושלים", שהומצא על ידי האח הפרנציסקאני אנטוניו מנצני, הרוקח הראשי בסאן סלבטורה משך 43 שנים החל משנת 1686 ואילך.בית המרקחת המשיך לפעול עד מלחמת העולם הראשונה ולאחר מכן נסגר וזאת תודות לקושי למצוא תרופות מאירופה ופתיחת בתי מרקחת אחרים בירושלים.
הספרייה הכללית של ארץ הקודש אשר קיימת גם כיום, הינה מורשת היסטורית הקשורה לאירועים של הקוסטודיה בארץ הקודש. הכרכים הגרעיניים מתוארכים לתקופה שבה האחים הפרנציסקאנים חיו במנזר שבהר ציון. מרגע שעברו לסאן סלבטורה, הספרים של הקוסטודיה נשארו שם, למרות שהם עברו פנימית. חלק מהרשומות המאששות את המתנה של יצירות שהועברו אלינו ומאשרות כי הספרייה נבנתה משך הזמן על ידי הקהילה של האחים. מבחינת תיארוך, המורשת ההיסטורית מחולקת לאוספים: האוספים המודרניים, האוספים העתיקים, האוספים של כתבי היד, האוספים של המאה ה-17 וה-18 והאוספים של המו"ל של הפרנציסקאנים.
מה שאנו מכנים כיום המו"ל של הפרנציסקאנים מתייחס ליצירות מודפסות של הפרנציסקאנים בארץ הקודש, שנוסד על ידי האחים הפרנציסקאנים בשנת 1848 משך שלטונה של האימפריה העותומאנית, ואשר הדפיסו את הספרים שלהם בתקופה שהיה קשה לעשות כן עקב התנאים הפוליטיים. עדיין ישנן עבודת הדפסה קטנות במנזר של סאן סלבטורה אולם עיקר היצירות שיוצאות לאור הינן בבית פאגי, שהבר הזיתים.
הכנסייה של סאן סלבטורה, כפי שהיא מוכרת כיום, נבנתה הרבה יותר מאוחר מאשר שאר המנזר ונחנכה רק ב-29 בנובמבר 1882 על ידי הפטריארך הלטיני של ירושלים, מונסיניור וינצנזו ברקו. המיטיבים כללו את הקיסר האוסטרי פרנץ יוסף שכבר בשנת 1869 כבר תרם תרומה נכבדת על מנת להתחיל את שיפוץ הכנסייה.
מגדל הפעמונים שמשקיף מעל לבתים של העיר העתיקה של ירולשים מתוארך לשנת 1931-32, כשהינו מוגבה ב-8 מטר ביחס לקודמו.
המנזר של סאן סלבטורה ממשיך להיות הלב והמרכז של הפעולות של הקוסטודיה, כשזהו מקום מושבה של הקוריה של הקוסטודיה, של הארכיב ההיסטורי המחזיק במסמכים חשובים, של הגזברות המרכזית ושל המחלקה הטכנית המטפלת בתחזוקה של המקומות הקדושים.ישנם שם גם המשרדים של המלכ"ר של האגודה בעד ארץ הקודש, אשר מבצעת מיזמים יחד עם האוכלוסייה המקומית והמחלקה של המורשת התרבותית, אשר עובדת עבור המוזיאון של ארץ הקודש. האגף ההיסטורי של המוזיאון של הפרנציסקאנים נוצר תודות לשיתוף פעולה של וועדות של מומחים בינלאומיים, צפוי להיחנך בסביבות 2021 במנזר. בתוך החומות של המנזר של סאן סבלטורה ישנן גם כיתות הלימוד של בית הספר של ארץ הקודש של ירושלים, בית הספר למוסיקה של מאניפיקאט, הסמינר הבינלאומי של הקוסטודיה, המרפאה שבה האחים הקשישים חיים, המכבסה וחדרי התפירה, המשרד של חפצים דתיים, המחלקה לטכנולוגית המידע והבית של הנזירות של חנה הקדושה אשר מעניקות שירות עבור המנזר.
ביאטריס גוארארה
