La presenza francescana in Terra Santa si pone a servizio dei cristiani di rito latino, per cui i frati della Custodia collaborano all’opera pastorale con diverse iniziative. I frati della Custodia sono stati per lungo tempo gli unici a occuparsi dei piccoli gruppi di cristiani in Terra Santa, creando parrocchie e strutture organizzative per queste comunità.
I frati francescani si occupano, inoltre, dell’organizzazione dell’annuale appuntamento per i giovani: la marcia francescana. Tra le varie forme di attività pastorale che la Custodia svolge in Terra Santa, occupa una parte non indifferente l’assistenza spirituale (messe, confessioni, ritiri ecc.) alle comunità religiose impegnate in progetti e missioni sul territorio.
Tra i Luoghi Santi dove poter vivere esperienze di ritiro spirituale, c’è il romitaggio del Getsemani.
La vita e lo stile che i frati minori propongono al Romitaggio sono centrati sulla Preghiera, sull’Adorazione, sull’ascolto della Parola di Dio, sulla Lectio Divina e sulla Liturgia. In questo Giardino mistico, in cui Dio è tornato a camminare con l’uomo, nel rispetto delle diverse sensibilità ed esigenze, si propone prevalentemente la preghiera personale e si chiede agli ospiti di condividere alcuni momenti di preghiera e un servizio comunitario.
Nel santuario del Getsemani si celebra, inoltre, l'Ora Santa, un'ora di meditazione sull'Agonia di Gesù. A ricordo del sudore di sangue di Gesù che cadde in quella notte in quello stesso luogo, il sacerdote cosparge di petali di rose rosse la nuda roccia esposta davanti all’altare. Ogni anno, la sera del Giovedì Santo, la Comunità francescana si riunisce, assieme ai fedeli locali per la celebrazione dell’Ora Santa. Un’analoga cerimonia avviene ogni primo Luglio in occasione della Festa del Preziosissimo Sangue di Nostro Signore Gesù Cristo e ogni primo Giovedì del mese alle ore 16:00 (orario locale).
In forza dello spirito francescano che li anima, i frati della Custodia di Terra Santa contribuiscono da sempre a portare avanti strade di dialogo con le altre confessioni cristiane in Terra Santa.
In primo luogo i frati francescani di Terra Santa condividono gli spazi di preghiera nei Luoghi Santi con i rappresentanti delle altre Chiese, come nella Basilica del Santo Sepolcro. Le diverse comunità religiose sono chiamate, dunque, quotidianamente a intessere relazioni collaborative.
In secondo luogo ogni anno, in occasioni delle festività religiose di Natale e Pasqua, i principali rappresentanti delle confessioni cristiane della Terra Santa si incontrano per scambiarsi gli auguri, facendosi visita nelle rispettive sedi dei patriarcati. Partecipano a questi momenti i francescani della Custodia di Terra Santa, il Patriarca Latino di Gerusalemme e i capi locali della Chiesa greco-ortodossa, armena, copta, siriaca, etiope.
Un momento fondamentale di ecumenismo durante l’anno è la settimana di preghiera per l’unità dei cristiani, che si svolge a gennaio. Durante questa speciale settimana a Gerusalemme, ogni giorno i fedeli si recano in una diversa chiesa tra quelle delle confessioni cristiane di Terra Santa e, secondo un calendario specifico, sono i rappresentanti dei vari riti a condurre la preghiera per l’unità.
I francescani di Terra Santa si dedicano anche al dialogo con le altre religioni presenti in Terra Santa, necessario per la particolare situazione della regione: i cristiani sono solo il 2% su una popolazione di cultura musulmana o ebraica.
Il dialogo con la società israeliana e palestinese viene portato avanti attraverso iniziative culturali e conferenze interreligiose, nonché l’apertura dei propri conventi durante periodi particolari.
Nelle istituzioni scolastiche della Custodia, inoltre, i frati e le religiose intessono positive relazioni con famiglie di altre religioni che portano i propri bambini a scuole cristiane, spinti dall’alta qualità degli istituti, dove si educa ai valori umani di rispetto e di pace.