שנת היובל הראשונה בהיסטוריה הוכרזה על ידי האפיפיור בוניפס השמיני בשנת 1300 עם הצו האפיפיורי "אנטיקורום האבאט". הוא הודיע שכל הרומים שביקרו הבזיליקות של פטרוס הקדוש ושל שאול הקדוש שלושים פעמים יוענק להם כתב מחילה מלא, בשעה שבעבור עולי רגל מחוץ לרומא חמש עשר ביקורים יספיקו.

בוניפס השמיני ייסד כי שנת היובל תתרחש בכל מאה שנים. לאחר עתירה מצד הרומים לאפיפיור קלמנט השישי (1342), התקופה הופחתה לחמישים שנה. שאול השני, במאה ה-15, התקופה שביו שנת יובל אחת לשנייה הופחתה ל-25 שנה. מאז, שנת היובל הרגילה נערכת במרווח זמן קבוע. רק במלחמות נפוליאון נמנע מלחגוג את שנות היובל של 1800 ושל 1850.

המנהג של הכרזת שנת יובל יוצאת מן הכלל מתוארכת למאה ה-16 המאה האחרונה שבה היו שנים קדושות היתה המאה ה-19 ובשנות החמישים של יום השנה של הפדות (בהתאמה, 1933 ו-1983); יוחנן פאולוס השני הכריז על שנה קדושה המוקדשת למרים בשנת 1987; בנדיקטוס ה-16 הכריז על שנה המוקדשת לשאול ובשנת 2008 ו-2009 האפיפיור פרנסיס הכריז על שנת היובל של הרחמים בין 2015-2016, חמישים שנה לאחר סיומה של מועצת הוותיקן השנייה.